Rák intratumor genetikai heterogenitás
Tartalom
- Hpv rák és terhesség
- Paraziták kezelése orenburgban
- Крикнула .
A transzlációs kutatás Absztrakt A kolorektális rák részben a több gén léziók kumulatív hatásaiból ered. A kiválasztott ráktípusok közelmúltbeli tanulmányai jelentős tumor-genetikai heterogenitást mutattak ki, és rávilágítottak annak lehetséges szerepére a betegség előrehaladásában és a terápiás rezisztenciában. Feltételeztük, hogy a rektális rákokban rák intratumor genetikai heterogenitás a tumoron belüli genetikai heterogenitás, ami a lokalizált szomatikus mutációk és a másolatok számának rendellenességei között változik.
A hat rektális daganat mindegyikéből kettő vagy három térbeli különbséget szétválasztottunk, és a következő generációs egész exome DNS szekvenálással, Oncoscan SNP tömbökkel és célzott megerősítő szekvenálással és analízissel végeztük. Az eredményeket az SciClone segítségével szubklónok meghatározására integráltuk. A mutáns-allél tumor heterogenitási MATH pontszámokat, mutáns allélfrekvencia korrelációt és mutációs százalékos egyezőséget számoltuk ki, és a minták közötti korreláció mérését is magukban foglaltuk.
Az egyes rákos szomatikus mutációk profiljai hasonlóak voltak a korábbi vizsgálatokhoz, néhány korábbi változatban találtunk szignifikánsan mutált géneket és számos betegspecifikus mutációt minden tumorban. Az egyes daganatok térbeli különbségeinek régióiban jelentős tumor-heterogenitást tapasztaltunk.
- Ha a papillómát eltávolítják
- Мы как вид обнаруживаем больше смирения, - ответила октопаучиха.
Valamennyi daganatnak heterogenitása volt, de a vizsgált mintákban a heterogenitás mértéke meglehetősen változó volt. Az SciClone számítási módszere 2—8 megosztott és nem osztott szubklont azonosított az egyes tumorok térbeli eltéréseiben.
A MATH pontszámok 7 és 41 között mozogtak. Valamennyi daganat valamilyen heterogenitást mutatott, de a vizsgált mintákban a mértéke nagymértékben változó volt. A jelentős tumoron belüli heterogenitás előfordulhat, hogy a kiválasztott daganatok genetikai tartályt hozhatnak létre a terápiára és más kihívásokra adott evolúciós válaszuk sapka a parazitákat. Fő A vastagbélrák a rákkal összefüggő halálozás harmadik fő oka az Egyesült Államokban, és a rektális rákok a vastagbélrák terheinek körülbelül egyharmada.
A tumorsejten belüli genetikai heterogenitást, mint például a ráksejtekben mutatkozó pontmutációk vagy másolatok számának heterogenitása, számos tumortípusban, köztük a tüdőrákban, a 6, 7 vese-sejtes karcinómában, 8 krónikus limfocita leukémiában, 9 emlőrákban írták le.
A heterogenitás tükrözi a rákon belüli különböző szubklónális populációk jelenlétét, és valószínűleg befolyásolja a beteg klinikai lefolyását és a terápiára adott választ. A szubklónikus populációk meghatározása a szilárd tumorokban kihívást jelent, és költséges és összetett elemzési és értelmezési módszereket igényel.
Ezért egyes csoportok más matematikai megközelítéseket alkalmaztak a heterogenitás értékelésére és leírására. Nem ismeretes, hogy ezek a heterogenitási mértékek korrelálnak-e egymással vagy a tumor szubklónusságával.
Itt mutatjuk be a tumoros heterogenitás mélyreható értékelését hat rektális rákban. A következő generációjú Illumina teljes exome szekvenciát végeztük a normális rektális nyálkahártya és két vagy három térbelian elkülönülő, végbélrákos daganatos régióból hat betegből, a gén átlagos medián lefedettségét szeresére vetítve.
Ezután az Ion Torrent platformon elvégeztük a célzott újra-szekvenálást az érvényesítéshez, lehetővé téve számunkra, hogy génenként szor nagyobb átlagos mélységet érjünk el. Ezen túlmenően az Oncoscan SNP tömböket is használtuk a másolatok számának és az allélfrekvencia-változások rák intratumor genetikai heterogenitás. Vizsgáltuk a heterogenitást az egy nukleotid variánsok, inszerciók, deléciók, allélfrekvencia korrelációk, másolatok számának és korrelációinak, a MATH pontszámok és a százalékos mutáció korreláció tekintetében.
A rákgenomika Absztrakt Az elsődleges májrák minták genomikai elemzése összetett mutációs környezetet tárt fel, hatalmas intertumor és intratumor heterogenitással. Az egyes tumorokon belüli különböző primer májdaganatok és szubklónok feltűnő molekuláris és biológiai variációkat mutatnak.
A mély, célzott szekvenálást kombináltuk, és a másolatok prosztatarák 2. szint egy korábban leírt SciClone számítási módszerrel módosítja az adatokat a tumorokban lévő szubklónok számának becslésére.
A képzett gyomor-bél patológus több független területet értékelt az öt primer rektális rák közül mindegyikből. Minden elemzésre szánt tumorrész legalább 1 cm távolságban volt a másik terület ek től.
Normál rektális szövetet is gyűjtöttünk a sebészeti mintákból.
Az egyes fagyasztott tumor blokkok releváns területét azonosítottuk, és a normál és a tumor anyagot manuálisan szétválasztottuk a blokkokból. Egy betegnél az ultrahang idején az in situ tumorból eltávolítottuk a tumor és a normális végbél térbeli elkülönített területeit, és a szöveteket befagyasztottuk. Az egyes hpv vir ockovani klinikai adatait az orvosi feljegyzésekből vettük le.
Következő generációs szekvenálás Illumina egész exome szekvenálás és elemzés A genomiális DNS-mintákat Covaris S2 fragmentációs rendszer alkalmazásával fragmentáltuk bp célméretre. A mintákat végjavítással végeztük, a farkú, és az egyéni adaptereket a NEBNext DNS Library Prep készlet segítségével ligáltuk a gyártó által ajánlott protokollok szerint.
A mintákat a gélből a Qiagen QIAquick gél extrakciós rendszerrel izoláltuk.
A rektális rák tumoros genetikai heterogenitása
Mindegyik ligációs termék 10 vagy 15 μl-ét gazdagítottuk a fúziós mesterkeverék-készlet és az egyéni PCR-primerek alkalmazásával összesen 14 ciklus PCR-amplifikációhoz. Minden egyes készletet a Nimblegen SeqCap EZ V3 Exome dúsító készlet felhasználásával készítettünk a gyártó által ajánlott protokollok szerint. A rögzítési medencéket egyesítettük és szekvenáltuk az Illumina HiSeq platformon, ahol a páros végű bp-t v3 reagensek használatával leolvasottuk.
A páros leolvasásokat a hg19 referencia genomra leképezzük a Burrows — Wheeler Aligner 20 alkalmazásával, és SAMtools-mal dolgoztuk fel.
A duplikátumokat eltávolítottuk az rmdup funkcióval, és a variánsokat az mpileup funkcióval hívtuk. A variánsokat célpontként azonosították, ha az exome-capture panel által meghatározott célterület 10 bp-jába esett, és eltávolították a célponton kívüli változatokat.
A mintákat normál-tumor párokként mpileup-ként dolgoztuk fel úgy, hogy az egyes variánsok valószínűségi arányát megbecsülhessük. A tumor egyik régiójában azonosított szomatikus variánsokat, de a többit nem azonosnak tekintettük a régióban. A variánsokat ezután SnpEff mal jelöltük a variánsok régiók szerinti besorolására pl.
- Hpv limon tedavisi
- Genetikai heterogenitás okok – Symptoma
- Az evolúciós adaptációt olyan mechanizmusként is javasolták, amely elősegíti a gyógyszer rezisztenciát a szisztémás rákterápia során.
Exon, intron, 5'-UTR az aminosavváltozás típusának meghatározásához pl. Szinonimák és nem szinonimákés az elsődlegesítésnek az előre jelzett hatás alapján.
A nem kódoló transzkriptumok pl. Pseudogének és a dbSNP v. A lefedettség mélységét úgy számítottuk ki, hogy a génben lévő exonokhoz igazodott olvasmányok számát megszorozzuk a génben lévő összes exon hosszának hosszával. Ezután kiszámítottuk a génre jutó medián lefedettséget mintaenként. Ion Torrent szekvenálás és elemzés Az Illumina szekvenálási adatokból azonosított változatokat az Ion Torrent szekvenálására szántak az egyéni Ion Torrent Ampliseq panelekkel.
Röviden, minden egyes célzott változat esetében egy átfedő amplikonot ~ bp terveztünk, és a szekvenáláshoz két külön célzott panelhez rendeltük. Az Ampliseq könyvtár előkészítése vonalkód-beépítéssel, sablonkészítéssel és szekvenálással az Ion Torrent PGM-et használva történt a leírtak szerint.
Lehetséges okok
Az alapszintű szűrést ezután a fent rák intratumor genetikai heterogenitás kritériumokon átívelő jelölt szomatikus variánsokra alkalmaztuk, hogy kizárhassuk a további technikai melléktermékeket, beleértve az amplikon célterületek és a variánsok utolsó leképezett bázisán vagy azon kívül elhelyezett változatok eltávolítását, a támogató olvasók többségével, amely túlzott többletillesztést tartalmaz vagy indels valószínű szekvenálási hiba.
Ahhoz, hogy kizárólag a szomatikus variációra összpontosítsunk, szűrtük ki a kiegyenlített vagy páratlan normál minták bármelyikét. Az APC indeleket manuálisan értékeltük. Az OncoScan tömb platform k-os szondákból áll, amelyeket kifejezetten profilfejlesztő tumorokhoz terveztek.
Az intertumor és az intratumor heterogenitás jelentősége a májrákban
A vizsgálat a másolatok számának változását úgy érzékeli, hogy adatokat állít elő kb felbontásban rákos gén egy csoportjában, és — kb-t a többi genomon. Az Affymetrix szkennerekben CEL fájlok formájában generált nyers tömbös fluoreszcencia intenzitásadatokat töltöttük be az OncoScan Console szoftverbe v. A tömbök feldolgozásához az OncoScan adatainak szabványos Affymetrix referencia vezérlőfájlját használtuk. Az SNP-FASST2 ahelyett, hogy jelentené az egyes szondák helyét a genomon belül, egy Rejtett Markov-modell alapú megközelítést alkalmaz, hogy azonosítsa a nagyobb példányszámú szegmenseket egy adott régió összes szondájából származó log-ratio küszöb alapján.
Az arányok a minta normalizált intenzitásának log2 arányai szemölcs apró-kicsi referencia normál intenzitása felett, a minta-specifikus variáció további korrekciójával.
A Median Log2 Ratio kiszámításra kerül az elemzés során kimutatott minden szegmensre.
